1. Wisnu Prajogo, Dr., M.B.A., S.E - Ketua STIE YKPN Yogyakarta.
  2. Julianto Agung Saputro, Dr., M.Si., Ak., C.A. - Wakil Ketua I Bidang Akademik dan  Sistem Informasi.
  3. Nurofik, Dr., M.Si., Ak., CA. - Wakil Ketua II Bidang Administrasi dan Umum (Akuntansi, Keuangan, Personalia, Umum dan Teknik).
  4. Soegiharto, Dr., M.Acc., Ak., CA. Menjabat sebagai Wakil Ketua III Bidang Kemahasiswaan. (Kemahasiswaan, Alumni, Admisi, dan Job Placement Center).
  5. Bambang Suripto, Dr., M.Si, Ak., C.A. - Ketua Program Studi Akuntansi
  6. Nikodemus Hans Setiadi Wijaya, Prof., Ph.D, M.Si., S.E. - Ketua Program Studi Manajemen
  7. Efraim Ferdinan Giri, Dr., M.Si., Ak., C.A. – Kepala Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat.
  8. Baldric Siregar, Prof., Dr., M.B.A., Ak., CA. - Direktur Program Pascasarjana merangkap Ketua Program Studi Magister Akuntansi.
  9. Miswanto, Dr., M.Si. - Sekretaris Pelaksana Program Pascasarjana merangkap Ketua Program Studi Magister Manajemen.
  10. Astuti Purnamawati, M.Si., Dra., - Kepala Pusat Penjaminan Mutu Internal.
  11. Bambang Setia Wibowo, S.E., M.M. - Kepala Bagian Akademik dan TI
  12. Dheni Indra Kusuma, S.E., M.Si., Ak. - Kepala Bagian Akreditasi
  13. Diaz Haryokusumo, S.E., M.Sc. - Kepala Bagian Kemahasiswaan