Pascasarjana STIE YKPN menyelenggarakan dua jenis program studi, yaitu Program Studi Magister Akuntansi (Maksi) dan Program Studi Magister Manajemen (MM). Pendirian kedua program studi tersebut diselenggarakan berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 200/DIKTI/Kep/2000 tertanggal 23 Juni 2000. Maksi terakreditasi A dan MM terakreditasi " Baik Sekali ".