STIE YKPN Yogyakarta menyelenggarakan Program Pendidikan Profesi Akuntansi dengan diterbitkannya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 3572/D/T/2002 pada tanggal 2 Desember 2002.
PPA merupakan pendidikan tambahan bagi seorang Sarjana Ekonomi Jurusan Akuntansi yang ingin mendapatkan sebutan Akuntan. Dengan sebutan profesi tersebut, yang bersangkutan dapat melanjutkan karier sebagai akuntan publik atau akuntan lain.